استفاده از روشهای هوشمند در تعیین الگوی تاخوردگی پروتئین
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی کرمان - دانشکده برق و کامپیوتر
- نویسنده مهشید خطیبی بردسیری
- استاد راهنما مهدی افتخاری حمید صنعت نما
- سال انتشار 1390
چکیده
عملکردهای زیستی پروتئین ها به واکنش های شیمیایی آنها با محیط پیرامون و سایر پروتئین ها بستگی دارد. به عبارت دیگر، ساختار سه بعدی و نحوه تاخوردن اجزای پروتئین ها در فضا، چگونگی این تعاملات را تعیین می کند. تشخیص صحیح الگوی تاخوردگی پروتئین با استفاده از اطلاعات استخراج شده از توالی آن، یکی از مسائل پیچیده و بحث برانگیز در زمینه بیوانفورماتیک می باشد. در این پایان نامه، سه روش نوین مبتنی بر الگوریتم های یادگیری ماشین برای طبقه بندی پروتئین ها بر اساس الگوی تاخوردگی آنها، ارائه شده است. هر سه روش پیشنهادی بر روی یک پایگاه داده پروتئینی رایج و شناخته شده در این زمینه، مورد ارزیابی قرار گرفته اند. ایده اصلی روش پیشنهادی اول، ترکیب الگوریتم های یادگیری جمعی مبتـنی بر درخت های تصمیم گیری است. این روش شامل سه مرحله اصلی می باشد که با استفاده از طبقه بندهای adaboost.m1، random forest و rotation forest و سه روش ترکیبی متفاوت اجرا می گردند. دقت کل حاصل از طبقه بند نهایی این روش، نسبت به نتایج به دست آمده در پژوهش های پیشین که از پایگاه داده و مجموعه ویژگی های مشابه استفاده کرده اند، برتری دارد. روش پیشنهادی دوم بر مبنای ترکیب دو الگوریتم تکاملی برنامه نویسی ژنتیک (چند ژنی) و الگوریتم ژنتیک می باشد. این روش با تبدیل مسئله چند کلاسی تعیین الگوی تاخوردگی پروتئین به تعدادی مسئله دودویی کوچکتر، به حل آن می پردازد. طبقه بند نهایی به دست آمده در روش دوم، نسبت به روش پیشنهادی اول و سایر روش های مطرح شده در پژوهش های پیشین که از پایگاه داده مشابه استفاده کرده اند، به لحاظ دقت طبقه بندی برتری دارد. ایده روش پیشـنهادی سوم نیز طبقه بندی سلسله مراتبی پروتئین ها در دو سطح مجزا و با استفاده از ترکیب سه الگوریتم adaboost.m1، random forest و rotation forest می باشد. این الگوریتم سلسله مراتبی با کاهش ابعاد مسئله و تفکیک کلاس ها از هم، به دقت قابل قبولی برای شناسایی الگوی تاخوردگی پروتئین ها دست یافته است. هدف از هر سه الگوریتم پیشنهادی این پایان نامه ارائه روشی کارا و کم هزینه است که با دقت قابل قبولی به تعیین الگوی تاخوردگی پروتئین بپردازد.
منابع مشابه
پیش بینی تاخوردگی دامنه پروتئین ها مبتنی بر روش DBSCAN
در این مقاله یک روش طبقه بندی تغییر یافته بر مبنای روش های طبقه بندی بر اساس چگالی برای طبقه بندی تاخوردگی پروتئین ها ارائه شده است که این روش در برابر وجود نویز مقاوم بوده و از سرعت بالایی برخوردار خواهد بود. طبقه بندی پروتئین ها بمنظور پیش بینی عملکرد آنها و شناسایی خواص پروتئین ها یکی از مسائل بزرگ در حوزه طبقه بندی است. با توجه به پیشرفت علم و دستگاه های توالی یابی پروتئین های بسیاری کشف شد...
متن کاملمطالعه (پیش‌بینی) نرخ شکست لوله‌های اصلی آبرسانی شهری با استفاده از روشهای هوشمند و رگرسیونی
با توجه به سیاست‌های افزایش کارایی و کاهش هدررفت، یکی از اولویت‌های راهبردی توسعه پایدار منابع آب، بهره‌برداری بهینه از شبکه‌های توزیع آب شهری است. لذا راهبران سیستم باید همواره شناخت دقیق و صحیحی از قابلیت کاربری شبکه و انزوال و خرابی سازه‌ای (شکست) در لوله‌های اصلی آبرسانی داشته باشند. یکی از راهکارها و کلیدهای مهم مدیریت بهینه بهره‌برداری، تدوین استراتژی‌های نوسازی و بازسازی در شبکه‌های توزی...
متن کاملاستفاده از روشهای مختلف در تعیین نسبتهای واکنش پذیری مونومرها در کوپلیمر استیرن - آکریلونیتریل
متن کامل
پیش بینی تاخوردگی دامنه پروتئین ها مبتنی بر روش dbscan
در این مقاله یک روش طبقه بندی تغییر یافته بر مبنای روش های طبقه بندی بر اساس چگالی برای طبقه بندی تاخوردگی پروتئین ها ارائه شده است که این روش در برابر وجود نویز مقاوم بوده و از سرعت بالایی برخوردار خواهد بود. طبقه بندی پروتئین ها بمنظور پیش بینی عملکرد آنها و شناسایی خواص پروتئین ها یکی از مسائل بزرگ در حوزه طبقه بندی است. با توجه به پیشرفت علم و دستگاه های توالی یابی پروتئین های بسیاری کشف شد...
متن کاملطراحی و تعقیب مسیر رباتهای زیرسطحی در محیطهای دینامیک با استفاده از روشهای حل تبدیل هوشمند و کلاسیک
In this paper, first a sample Autonomous Underwater Vehicle called NEROV from the University of Trondheim of Norway has been selected with its equations of motion and by using dynamic programming approach optimal paths for consuming energy have been designed. There are moving obstacles in the environment wherein the robot moves. It is seen that the planned paths is smooth and the energy used fo...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی کرمان - دانشکده برق و کامپیوتر
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023